세무와회계저널 | 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제 사전심사제도의 개선방안

기업의 연구개발 활동은 부가가치 창출과 경제성장에 필요한 요소이므로 세계 각 국가는 연구개발 활동에 대한 지원을 강화하고 있다. 우리나라도 조세특례제한법에서 연구개발 활동을 지원하는 차원에서 세액공제제도를 두고 있으나 기업들은 실질적 요건을 맞추는데 어려움을 갖는다. 실제로 연구개발 부서의 인적비용에 대한 납세자와 과세당국 간 조세쟁송이 지속적으로 발생하고 있다.

이에 따라 과세당국은 2020년에 연구․인력개발비 세액공제 사전심사제도를 도입하였다. 이를 통해 해당 세액공제에 대한 불확실성을 해소하고 조세 절감 효과를 높임으로써 기업들이 연구․인력개발 활동에 집중할 수 있게 하고자 하였다.

본 연구는 연구․인력개발비 세액공제 및 사전심사제도의 내용을 살펴보고 국내 세법상 연구개발 제도의 성과 및 해외 연구개발 지출 세제를 확인한 후 사전심사제도의 개선방안을 제시하고자한다. 본 연구가 제시하는 연구개발비 사전심사제도의 개선방안은 다음과 같다. 첫째, 현행 사전심사제도의 신청기한이 과세표준 신고기한 전까지이므로 납세자의 신고에 대한 부담을 줄이고 과세당국 업무처리의 효율성을 제고하기 위해 과세기간 종료일 이후 일정 기한을 별도로 정하고 국세기본법에 근거한 수정신고, 경정청구, 기한후신고에서 세액공제를 적용받는 경우 사전심사의 신청은 별도의 규정을 통해 신청할 수 있도록 정하는 것이 타당하다. 둘째, 기업에서 세법에 정한 기한 내 사전심사를 신청하였으나 과세당국이 전문인력의 부족 등으로 과세표준 신고기한 내에 기술검토 등 세액공제의 적격성에 대한 기한 내 심사를 마치지 못한 경우 과소신고가산세 적용을 감면하고 조세회피를 위한 악의적 연구개발 활동의 수행에 대해 징벌적 가산세를 부과해야 할 것이다. 셋째, 연구․인력개발비의 기술검토에 대한 사전심사를 위해 과세당국은 상당한 전문성을 갖춘 내부, 외부 심사위원을 양성할 필요가 있다. 넷째, 연구․인력개발비용 개념에 대해 납세자와 과세당국 간 해석의 차이를 완화하기 위해 연구개발 분류 및 인적비용 등 정교한 가이드라인을 제시하고 납세자를 위한 전용 창구를 개설하는 것이 필요하다. 본 연구는 연구․인력개발비 사전심사제도의 개선방안을 제시함으로써 납세자와 과세당국 간 이해상충을 방지하고 납세협력비용을 완화하는데 도움이 될 것이다.