세무와회계저널 | 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 세제의 개선방안

주식의 포괄적 교환 및 이전은 어려움에 처한 기업이 갱생하고자 하는 경우 구조조정의 수단으
로 이용되고 있다. 이러한 기업구조조정 활동에 대한 조세부담을 완화하기 위하여 2010.1.1. 조세
특례제한법 제38조를 신설하여 요건을 충족하는 ‘주식의 포괄적 교환ㆍ이전’에 대하여 과세특례를
부여하고 있다. 그런데 신설된 조세특례제한법 제38조의 내용을 적용하다 보면 요건을 충족하는
주식의 포괄적 교환ㆍ이전 시 전체적인 조세부담이 더 증가하는 현상이 있는 것으로 나타났다.
적격주식의 포괄적 교환ㆍ이전의 경우 종전주주는 구주식의 양도 시 그 양도차익에 대하여 압축
기장충당금을 손금산입하게 하고 교환받은 신주식의 양도시점에서 동 충당금만큼 익금산입하게 함
으로써 양도차익에 대한 과세를 이연하도록 하고 있다. 또한 종전주주로부터 구주식을 이전받은
완전모회사의 경우에도 제공받은 구주식의 가액을 종전주주의 장부가액으로 승계하도록 하고 있
다. 이에 따라 교환받은 주식을 매각하는 경우 주주와 모회사가 모두 구주식의 원가와 매각대금과
의 차액을 자본이득으로 보고하게 된다. 이는 모회사가 종전주주로부터 취득하는 주식의 가액을
교환당시 시가로 하도록 한 비적격구조조정의 경우보다 불리한 경우에 해당한다. 즉, 비적격구조조
정의 경우 모회사는 자신의 보유기간 이익상당액만을 자본이득으로 보고하게 되기 때문에 종전주
주가 보유한 기간의 자본이득까지 자신의 양도차익으로 보고하도록 한 적격구조조정의 경우가 과
세소득이 더 커지게 된다.
따라서 현행 조세특례제한법 제38조의 내용은 적격구조조정의 경우가 비적격구조조정의 경우보
다 거래참여자 전체의 과세소득금액이 더 커진다는 모순이 있고, 주식을 이전받은 주주가 종전주
주의 자본이득까지 부담하게 됨으로써 종전주주의 보유기간에 대한 자본이득에 대하여 이중과세현
상이 발생한다는 문제점이 있다. 지주회사에 대하여 적용하는 규정인 조세특례제한법 제38조의2도
같은 문제가 있다.
적격구조조정 시의 조세혜택이 합리적으로 이루어지기 위해서는 기존주주에 대하여 압축기장충
당금설정을 통한 과세이연은 존치하되, 모회사가 이전받은 종전주식의 가액을 장부가액으로 승계
하도록 한 조항은 삭제하는 것으로 관련 세법을 개정할 필요가 있다.