세무와회계저널 | 조세불복 현황 분석을 통한 중복조사 제한 및 허용의 개선방안

국세기본법에 따르면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 중복조사가 원칙적으로 금지되지만, 예
외적인 사유에 해당하는 경우에는 이를 인정하고 있다. 본 연구는 이와 관련하여 조세 불복에서 주
로 쟁점이 되고 있는 사항을 5가지 유형으로 분류하여 그 내용과 대법원 판례들을 살펴보고, 이러
한 쟁점유형별로 조세불복 현황이 어떻게 분포되어 있는지, 그리고 그 인용여부는 어떠한지 살펴
보았다.
중복조사와 관련한 대법원 판례 10건, 국세청 심사청구 12건, 조세심판원 심판청구 100건에 대
한 불복현황 분석에서 나타나는 특징은 관련 청구건수가 국세기본법상에 ‘세무조사’의 정의가 규
정된 2011. 12. 31. 이후부터 급격하게 증가하고 있다는 점이다. 또한, ‘부분조사와 현장확인 및 질
문․조사권 행사를 선행 세무조사로 볼 것인지 여부’와 ‘탈루혐의를 인정할 만한 사항인지 여부’를
쟁점으로 하는 청구가 주를 이루고 있고, 중복조사와 관련된 인용률은 전체 불복청구의 인용률에
비하여 현저하게 낮은 수치를 보이고 있다.
이러한 분석의 시사점은 ‘세무조사’ 정의 규정의 신설로 인하여 납세자와 과세관청간에 선행
(1차) 세무조사를 바라보는 시각에 차이가 생기게 되었고, 국세청과 조세심판원은 조사사무처리규
정에 근거하여 허용되는 중복조사의 범위를 납세자보다 더 넓게 인식하고 있다는 것이다. 중복조
사의 제한과 허용여부에 있어서 발생하는 이러한 문제의 근본적인 원인은 국세기본법상 세무조사
규정과 개별세법상 질문․조사권 및 조사사무처리규정간 세무조사의 의의 및 범위에 대한 납세자
와 과세관청의 판단의 차이라고 생각된다. 따라서 이러한 문제점을 해결하기 위해서는 국세기본법
상 세무조사의 개념을 보다 구체적이고 명확하게 할 필요가 있다. 본 연구에서는 국세기본법에 세
무조사에 해당하지 않는 질문․조사권의 범위를 구체적으로 예시하거나, 나아가 개별세법의 질
문․조사권을 국세기본법에 이관하는 방안을 제시하고 있다.